В 1943 Институт входит в Академию педагогических наук РСФСР

Учреждение Академии педагогических наук РСФСР в октябре 1943 года открыло новую страницу в жизни и деятельности Института. Его вхождение в состав АПН РСФСР поставило перед коллективом новые задачи, которые были связаны с разработкой содержания, методических подходов, организации обучения по всем предметам учебного плана всех ступеней школьного образования. На повестку дня встали проблемы аксиологии образования, разработки новых целей образования, обеспечение его качества, теория построения учебников, формы организации обучения. Институт исследовал проблемы единства обучения, воспитания и развития, преемственности в изучении разных предметов, систему контроля и оценки достижений и многие другие. Президиум АПН и руководство Института пригласили на работу большую группу ученых – представителей различных областей науки, которые возглавили многие актуальные направления исследований: по обучению истории и созданию стабильных учебников для VIII-X классов (А.М. Панкратова), по методике математики (А.Я. Хинчин), по проблемам преподавания литературы (Л.И. Тимофеев).

В структуре Института появляются экспериментальные школы: №№ 315, 334, 110, 204, 710, 625 г. Москвы; средняя школа в Горках Ленинских, школы поселков Черноголовка, Пущино-на-Оке и другие.